Balai Kekarantinaan Kesehatan adalah Unit Pelaksana Teknis (UPT) Bidang Kekarantinaan di bawah Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Kementerian Kesehatan yang bertugas melaksanakan upaya mencegah dan menangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan masyarakat di wilayah kerja pelabuhan, Bandar udara, dan pos lintas batas darat Negara.