Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Banjarmasin memiliki 5 wilayah kerja dan 2 pos pelayanan, yaitu :
1. Wilayah Kerja Pelabuhan Kotabaru
2. Wilayah Kerja Pelabuhan Batulicin
3. Wilayah Kerja Pelabuhan Satui
4. Wilayah Kerja Pelabuhan Kintap
5. Wilayah Kerja Pelabuhan Bandara Syamsudin Noor
6. Pos Pelabuhan Khusus Sungai Putting
7. Pos Pelayanan Trisakti